En la subconsulta vs simple versiones CTE (no recursivas), probablemente sean muy similares. Tendría que usar el generador de perfiles y el plan de ejecución real para detectar cualquier diferencia, y eso sería específico para su configuración (por lo que no podemos darle la respuesta completa).
En general; Un CTE se puede utilizar de forma recursiva; una subconsulta no puede. Esto los hace especialmente adecuados para estructuras de árboles.
