¿Cómo puedo modificar una restricción de clave principal usando la sintaxis SQL?

Sí. La única forma sería descartar la restricción con una tabla Alter y luego volver a crearla.

ALTER TABLE <Table_Name>
DROP CONSTRAINT <constraint_name>

ALTER TABLE <Table_Name>
ADD CONSTRAINT <constraint_name> PRIMARY KEY (<Column1>,<Column2>)