¿Es mejor hacer una unión equi en la cláusula from o en la cláusula where?

En términos generales, no hace ninguna diferencia semántica.

Sin embargo, hay un caso extremo en el que puede funcionar. Si el (obsoleto) GROUP BY ALL construcción se agrega a la consulta como se ilustra a continuación.

DECLARE @A TABLE(A_ID INT, DURATION DECIMAL(3,2) )
INSERT INTO @A VALUES(1,2.00)

DECLARE @B TABLE(A_ID INT)
INSERT INTO @B VALUES(1)

/*Returns one row*/
SELECT *
FROM @A A
INNER JOIN @B B ON A.A_ID = B.A_ID
WHERE A.DURATION = 3.00
GROUP BY ALL A.A_ID, A.DURATION, B.A_ID

/*Returns zero rows*/    
SELECT *
FROM @A A
INNER JOIN @B B ON A.A_ID = B.A_ID  AND A.DURATION = 3.00
GROUP BY ALL A.A_ID, A.DURATION, B.A_ID