Mi suposición es que el servidor es un servidor de 64 bits, ¿sí? Si es así, el agente ejecutará SSIS en modo de 64 bits y eso provocará una incompatibilidad con los ejecutables.
En el trabajo del agente, en la pestaña Opciones de ejecución, marque "Usar tiempo de ejecución de 32 bits" y debería estar bien.
La pregunta está etiquetada como 2008, pero si no recuerdo mal, las tareas del Agente SQL de 2005 del tipo Paquete de servicios de integración de SQL Server no tenían una opción para ejecutarse en modo de 32 bits y, de manera predeterminada, todo se ejecutaba en modo de 64 bits. Para evitar eso, uno necesitaba ejecutar un comando del sistema operativo y llamar al dtexec.exe de 32 bits que probablemente se encontraba en C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe
