Respuesta tardía pero puede ser útil para los visitantes del hilo
Además de otras soluciones mencionadas, puedo sugerir probar ApexSQL Data Diff. Puede comparar y sincronizar los datos de la base de datos de SQL Server (tanto en bases de datos activas como en copias de seguridad) y automatizar y programar migraciones de datos. También funciona con grandes bases de datos y puede realizar comparaciones directamente desde SSMS.
Puedes descargar esta herramienta gratis y jugar con ella. Cuenta con una prueba gratuita completamente funcional y ofrece una edición comunitaria (después de que finaliza el período de prueba) que funciona en SQL Express y Azure SQL Database.
Para obtener más información sobre la herramienta, puede visitar http://www.apexsql.com/sql_tools_datadiff.aspx
