¿Hay alguna forma de cambiar los valores de FixedLenNullInSource y TrimTrailingBlanks?

TrimTrailingBlanks se relaciona con SET ANSI_PADDING opción cuando se creó la tabla. Es posible que pueda cambiar eso sin volver a crear toda la tabla de una manera similar a mi respuesta aquí para cambiar el ANSI_NULL opción.

De lo contrario, deberá volver a crear la tabla con la semántica deseada seleccionada.

Mirando la definición de sp_help

   'FixedLenNullInSource' = 
   CASE
        WHEN Type_name(system_type_id) NOT IN ( 'varbinary', 'varchar', 'binary', 'char' ) THEN '(n/a)'
        WHEN is_nullable = 0 THEN @no
        ELSE @yes
    END 

entonces aparecen diferentes valores para FixedLenNullInSource simplemente indique que la nulabilidad de la columna es diferente y que es uno de los 4 tipos de datos especificados. Tendrías que arreglar eso con ALTER TABLE ... ALTER COLUMN

Probablemente sea mucho mejor usar una herramienta de terceros para comparar las bases de datos, como Redgate SQL Compare o SQL Server Data Tools, o simplemente consultar sys.tables y sys.columns usted mismo en lugar de usar sp_help aunque.