Encontré una solución con la condición
metaData.getColumnType(columnNumber) == 12
si esta condición se cumple, ejecute la consulta
SELECT System_Type_Id FROM Sys.Columns WHERE Name = [column name] AND Object_Id = (SELECT Object_Id FROM Sys.Tables WHERE Name = [table name])
para smalldatetime devolverá 58
y para datetime devolverá 61 .