¿Cómo ejecutas el SQL?
SQL en sí no tiene tiempo de espera, por lo que lo que describe como un problema no es posible.
El tiempo de espera siempre se maneja en el nivel de conexión/aplicación de conexión. SQL Server está feliz de tener llamadas SQL que duran horas o días.
Por lo tanto, a menos que haga algo "gracioso"/inusual, las consultas dentro del SP no se agotarán; la conexión que llama al procedimiento se agotará y, por lo tanto, revertirá la transacción.
