SQL:tiene problemas con la consulta que obtiene porcentajes usando funciones agregadas

Usar:

  SELECT je.statusid,
         COUNT(*) AS num,
         (COUNT(*) / (SELECT COUNT(*)+.0
                       FROM JOURNAL_ENTRY) ) * 100
    FROM JOURNAL_ENTRY je
GROUP BY je.statusid

Entonces es cuestión de formatear con la precisión que desees:

CAST(((COUNT(*) / (SELECT COUNT(*)+.0 FROM BCCAMPUS.dbo.COURSES_RFIP)) * 100)
     AS DECIMAL(4,2))

...dará dos decimales. Transmita el resultado a INT si no desea lugares decimales.

Podría usar un CTE para minimizar la duplicación:

WITH cte AS (
   SELECT je.*
     FROM JOURNAL_ENTRY je
    WHERE je.user_id = 3)
  SELECT c.statusid,
         COUNT(*) AS num,
         (COUNT(*) / (SELECT COUNT(*)+.0
                       FROM cte) ) * 100
    FROM cte c
GROUP BY c.statusid