¿Hay alguna diferencia entre los métodos de transacción SMO ServerConnection y el uso de la propiedad SqlConnectionObject?

Los dos son equivalentes. El uso de un objeto SqlTransaction le permite colocar la transacción en un using alcance:

using(SqlTransaction  trn = conn.BeginTransaction ())
{
 ...
 trn.Commit ();
}

Este es un mejor patrón en presencia de excepciones.