Importación de un archivo txt a SQL Server con una cláusula where

¿Has probado con el comando BULK INSERT? Echa un vistazo a esta solución:

--Create temporary table
CREATE TABLE #BulkTemporary
(
  Id int,
  Value varchar(10)
)

--BULK INSERT has no WHERE clause
BULK INSERT #BulkTemporary FROM 'D:\Temp\File.txt'
WITH (FIELDTERMINATOR = '\t', ROWTERMINATOR = '\n')

--Filter results
SELECT * INTO MyTable FROM #BulkTemporary WHERE Value IN ('Row2', 'Row3')

--Drop temporary table
DROP TABLE #BulkTemporary

Espero que esto ayude.