La solución fake rownum es inteligente, pero me temo que no escala bien (para consultas complejas, debe unirse y contar en cada fila el número de filas antes de la fila actual).
Consideraría usar create table tmp as select /*your query*/ .porque en el caso de una operación de creación como selección, el ID de fila creado al insertar las filas es exactamente lo que sería el número de fila (un contador). Está especificado por el documento de SQLite.
Una vez que se ha insertado la consulta inicial, solo necesita consultar la tabla tmp:
select rowid, /* your columns */ from tmp
order by rowid
