Podría considerar usar Liquibase, que es un marco liviano para ejecutar cambios en la base de datos (DDL, DML) de una manera definida. Su objetivo principal es admitir la migración de esquemas de bases de datos.
Los scripts SQL existentes se pueden convertir fácilmente en scripts de liquibase simplemente agregando algunos comentarios que contengan palabras clave de liquibase. Ver este ejemplo
El único inconveniente que se me ocurre es que liquibase usa dos tablas adicionales para registrar información sobre los cambios en la base de datos que ya ha ejecutado.
