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actualizar x establecer y =nulo lleva mucho tiempo

¿Está indexada la columna Y? Podría ser que establecer la columna en nulo signifique que Oracle tiene que eliminar del índice, en lugar de simplemente actualizarlo. Si ese es el caso, puede soltarlo y reconstruirlo después de actualizar los datos.

EDITAR:

¿Es solo la columna Y la que muestra el problema, o es independiente de la columna que se actualiza? ¿Puedes publicar la definición de la tabla, incluidas las restricciones?