¿Cómo consultar la tabla de unión usando hibernación?

Lo que quieres hacer es crear una consulta escrita. Con el mapeo adecuado, también puede obtener objetos relacionados, sin necesidad de consultar tablas de unión como ORM hará esto por ti:

Query query = session.createQuery(hql);
List<TestProject> results = query.list();

for (TestProject row : results) {
    //what to do here
    // do whatever you want
}

Y con el mapeo de relaciones adecuado, puede obtener relaciones como esta:

for (TestProject row : results) {
    Set<TestEmployee> employees=row.getEmployeesList();
    // do more work.
}

En cuanto a "cómo hacerlo", el tema es demasiado amplio para cubrirlo en una sola respuesta, etc., pero debería poder comenzar desde aquí:http://hibernate.org/orm/documentation/5.1/