¿Hay algún problema con las propiedades JPA Entities, Oracle 10g y Calendar Type?

No debe usar un calendario para acceder a las fechas de la base de datos, precisamente por este motivo. Debe usar java.util.Date así:

@Temporal(TemporalType.TIMESTAMP)
@Column(name="activationDate")
public Date getActivationDate() {
    return this.activationDate;
}

java.util.Date apunta a un momento en el tiempo, independientemente de las zonas horarias. El calendario se puede usar para dar formato a una fecha para una zona horaria o un lugar en particular.