¿Cómo mapeo hacia y desde un tipo complejo en el código EF4.3 primero?

Entonces, en lugar de GetSequence usa una propiedad:

public class InvoiceNumberSequence { 
    public string Prefix { get; set; }
    public int Number { get; set; }

    public string Sequence {
        get { retrun Prefix + Number; }
        set { // Add your parsing logic }
    }
}

Y en el mapeo agregue:

modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Property(p => p.Sequence)
            .HasColumnName("INVOICE_SEQ");
modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Ignore(p => p.Prefix);
modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Ignore(p => p.Number);