Estoy tratando de extraer una columna XMLTYPE de una tabla de Oracle usando JDBC y tengo algunos problemas

No puede recuperar esto como cadena (varchar), debido a las limitaciones de longitud de varchar (4000 bytes). Selecciónelo como CLOB:

    String query = "SELECT TBL.XMLTYPECOLUMN.GETCLOBVAL() FROM TABLE TBL";
    rs = stmt.executeQuery(query);
    xmlClob = (Clob) rs.getClob(1);

http://kodehelp.com/how- para-leer-xmltype-column-from-database-using-jdbc/