La ruta de instalación no es importante para la conexión de la base de datos desde Java, lo único importante es el nombre de host/dirección IP del servidor, el puerto del servidor, el nombre de usuario, la contraseña y el alias de la base de datos. Debe verificar que toda esta información no cambie con el nuevo instalación. Intente conectarse a su base de datos Oracle con un cliente de base de datos, si la conexión funciona correctamente, intente conectarse desde su aplicación Java. Aquí puede leer un ejemplo simple:
http://www.mkyong. com/jdbc/conectar-a-oracle-db-via-jdbc-driver-java/
Espero que te pueda ser útil.