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¿Cómo debo definir secuencias en mi proyecto (que usa hibernación) de manera que el proyecto funcione tanto con Oracle como con Mysql?

La forma más portátil es usar TableGenerator . Es portátil porque no se utilizan construcciones específicas del proveedor de la base de datos. El último valor generado se almacena en la tabla de la base de datos y el valor se recupera e incrementa a través de consultas SQL.

El uso también está cubierto en Hibernate documentación.