Aunque esta pregunta parece ser bastante antigua, se publicará una respuesta para alguien que busque aquí.
SET @count = 0;
UPDATE `users` SET `users`.`id` = @count:= @count + 1;
Si la columna se usa como clave externa en otras tablas, asegúrese de usar ON UPDATE CASCADE
en lugar del predeterminado ON UPDATE NO ACTION
para la relación de clave externa en esas tablas.
Además, para restablecer el AUTO_INCREMENT
contar, puede emitir inmediatamente la siguiente declaración.
ALTER TABLE `users` AUTO_INCREMENT = 1;
Para MySQL, restablecerá el valor a MAX(id) + 1
.