La declaración SQL está ignorando el parámetro where

Corrige tus paréntesis

SELECT * FROM people 
WHERE
    university='2' 
    AND (MATCH (lname,fname) AGAINST ('+massive' IN BOOLEAN MODE) 
         OR fname LIKE '%box%' 
         OR lname LIKE '%box%') 

AND tiene mayor precedencia que OR , entonces university = '2' solo se estaba combinando con MATCH , no con fname/lname pruebas.