¿Cómo obtener tipos numéricos de MySQL usando PDO?

Para responder primero a su última pregunta, "sí", desafortunadamente es normal recibir números como cadenas. Como dice el manual citado por Pascal, mysqlnd (PHP 5.3) devolverá tipos de datos nativos de declaraciones preparadas, siempre que desactive la emulación de declaraciones preparadas de PDO.

new PDO($dsn, $user, $pass, array(
    PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES => false
))

PDO::ATTR_STRINGIFY_FETCCHES no está relacionado con MySQL.

Si miras el lado positivo, es una buena práctica usar declaraciones preparadas de todos modos, así que...;)