Código de error:2013. Se perdió la conexión con el servidor MySQL durante la consulta

Las nuevas versiones de MySQL WorkBench tienen una opción para cambiar tiempos de espera específicos.

Para mí, estaba en Editar → Preferencias → Editor SQL → Tiempo de espera de lectura de conexión DBMS (en segundos):600

Cambió el valor a 6000.

También las filas de límite sin marcar ya que poner un límite cada vez que quiero buscar en todo el conjunto de datos se vuelve tedioso.