SQLSTATE[HY093]:Número de parámetro no válido:el parámetro no se definió

SQLSTATE[HY093]:número de parámetro no válido:el parámetro no se definió

es porque el número de elementos en $values &$matches no es lo mismo o $matches contiene más de 1 elemento.

Si $matches contiene más de 1 elemento, la inserción fallará, porque solo se hace referencia a 1 nombre de columna en la consulta (hash )

Si $values &$matches no contienen la misma cantidad de elementos, entonces la inserción también fallará, debido a que la consulta espera x parámetros pero recibe y datos $matches .

Creo que también deberá asegurarse de que el hash de la columna también tenga un índice único.

Pruebe el código aquí :

<?php

/*** mysql hostname ***/
$hostname = 'localhost';

/*** mysql username ***/
$username = 'root';

/*** mysql password ***/
$password = '';

try {
    $dbh = new PDO("mysql:host=$hostname;dbname=test", $username, $password);
    /*** echo a message saying we have connected ***/
    echo 'Connected to database';
    }
catch(PDOException $e)
    {
    echo $e->getMessage();
    }

  
$matches = array('1');
$count = count($matches);
for($i = 0; $i < $count; ++$i) {
    $values[] = '?';
}

// INSERT INTO DATABASE
$sql = "INSERT INTO hashes (hash) VALUES (" . implode(', ', $values) . ") ON DUPLICATE KEY UPDATE hash='hash'";
$stmt = $dbh->prepare($sql);
$data = $stmt->execute($matches);

//Error reporting if something went wrong...
var_dump($dbh->errorInfo());

?>

Tendrás que adaptarlo un poco.

La estructura de la tabla que utilicé está aquí :

CREATE TABLE IF NOT EXISTS `hashes` (
  `hashid` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `hash` varchar(250) NOT NULL,
  PRIMARY KEY (`hashid`),
  UNIQUE KEY `hash1` (`hash`)
) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=1 ;

El código se ejecutó en mi servidor XAMPP que usa PHP 5.3.8 con MySQL 5.5.16.