¿Cómo encontrar todas las tablas que tienen claves externas que hacen referencia a table.column en particular y tienen valores para esas claves externas?

Aquí tienes:

USE information_schema;
SELECT *
FROM
  KEY_COLUMN_USAGE
WHERE
  REFERENCED_TABLE_NAME = 'X'
  AND REFERENCED_COLUMN_NAME = 'X_id';

Si tiene varias bases de datos con tablas/nombres de columna similares, también puede limitar su consulta a una base de datos en particular:

SELECT *
FROM
  KEY_COLUMN_USAGE
WHERE
  REFERENCED_TABLE_NAME = 'X'
  AND REFERENCED_COLUMN_NAME = 'X_id'
  AND TABLE_SCHEMA = 'your_database_name';