Probablemente tenga que cambiarlo tanto para el cliente (que está ejecutando para realizar la importación) como para el daemon mysqld que se está ejecutando y acepta la importación.
Para el cliente, puede especificarlo en la línea de comando:
mysql --max_allowed_packet=100M -u root -p database < dump.sql
Además, cambie el archivo my.cnf o my.ini (normalmente se encuentra en /etc/mysql/) en la sección mysqld y establezca:
max_allowed_packet=100M
o puede ejecutar estos comandos en una consola MySQL conectada a ese mismo servidor:
set global net_buffer_length=1000000;
set global max_allowed_packet=1000000000;
(Utilice un valor muy grande para el tamaño del paquete).