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¿Está roto mysql_real_escape_string()?

De la Función API C de MySQL mysql_real_escape_string descripción :

Si necesita cambiar el conjunto de caracteres de la conexión, debe usar mysql_set_character_set() función en lugar de ejecutar un SET NAMES (o SET CHARACTER SET ) declaración. mysql_set_character_set() funciona como SET NAMES pero también afecta el juego de caracteres usado por mysql_real_escape_string() , que SET NAMES no lo hace.

Así que no uses SET NAMES /SET CHARACTER SET pero mysql_set_charset de PHP para cambiar la codificación ya que es la contraparte de MySQL mysql_set_character_set (ver código fuente de / ext/mysql/php_mysql.c ).