En caso de que a alguien todavía le importe:
Tuve el mismo problema después de copiar un directorio de base de datos directamente usando el comando
cp -r /path/to/my/database /var/lib/mysql/new_database
Si hace esto con una base de datos que usa InnoDB tablas, obtendrá este loco error 'la tabla no existe' mencionado anteriormente.
El problema es que necesitas el ib* archivos en la raíz de MySQL datadir (por ejemplo, ibdata1 , ib_logfile0 y ib_logfile1 ).
Cuando los copié, me funcionó.
