Esta limitación, que solo se debió a razones históricas de código heredado, se eliminó en versiones recientes de MySQL:
Cambios en MySQL 5.6.5 (2012-04-10, Hito 8)
Anteriormente, como máximo una columna TIMESTAMP por tabla podía inicializarse o actualizarse automáticamente a la fecha y hora actuales. Esta restricción se eliminó. Cualquier definición de columna TIMESTAMP puede tener cualquier combinación de cláusulas DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP y ON UPDATECURRENT_TIMESTAMP. Además, estas cláusulas ahora se pueden usar con definiciones de columna DATETIME. Para obtener más información, consulte Inicialización y actualización automáticas para TIMESTAMP y DATETIME.
http://dev.mysql .com/doc/relnotes/mysql/5.6/en/news-5-6-5.html