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Medición del tiempo real de consulta de MySQL

Inicie el generador de perfiles con

SET profiling = 1;

Luego ejecute su consulta.

Con

SHOW PROFILES;

verá una lista de consultas para las que el generador de perfiles tiene estadísticas. Y finalmente eliges con qué consulta examinar

SHOW PROFILE FOR QUERY 1;

o el número que tenga tu consulta.

Lo que obtiene es una lista donde exactamente cuánto tiempo se dedicó durante la consulta.

Más información en el manual.