Intente usar SQL_NO_CACHE (MySQL 5.7) en su consulta. (Los usuarios de MySQL 5.6 hacen clic en AQUÍ )
ej.
SELECT SQL_NO_CACHE * FROM TABLE
Esto evitará que MySQL almacene en caché los resultados; sin embargo, tenga en cuenta que otros sistemas operativos y cachés de disco también pueden afectar el rendimiento. Estos son más difíciles de sortear.