El repositorio oficial de PHP tiene un script llamado docker-php-ext-install https://github.com/docker-library/php/tree/master /5.6
Olvidó instalar la extensión necesaria para ejecutar el PDO.
Intenta crear una imagen acoplable como esta:
FROM php:5.6-apache
# PHP extensions
RUN docker-php-ext-install pdo pdo_mysql pdo_pgsql
