Bajo demanda, ahora como respuesta...
Al usar MySQL Query Browser o phpMyAdmin, parece que se abre una nueva conexión para cada consulta (bugs.mysql.com/bug.php?id=8280 ), por lo que es necesario escribir todas las declaraciones de eliminación en una consulta, por ejemplo.
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
DROP TABLE my_first_table_to_drop;
DROP TABLE my_second_table_to_drop;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;
Donde SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1 sirve como medida extra de seguridad...
