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¿Se deben cerrar las conexiones SQL abiertas con PDO en PHP?

Usa $link = null para que PDO sepa que puede cerrar la conexión.

PHP:Conexiones PDO y administración de conexiones

Tras una conexión exitosa a la base de datos, se devuelve una instancia de la clase PDO a su secuencia de comandos. La conexión permanece activa durante el tiempo de vida de ese objeto PDO. Para cerrar la conexión, debe destruir el objeto asegurándose de que se eliminen todas las referencias restantes; para ello, asigne NULL a la variable que contiene el objeto. Si no hace esto explícitamente, PHP cerrará automáticamente la conexión cuando finalice su secuencia de comandos.