Acabo de encontrarme con este problema también. Tuve que agregar LOCAL
a mi declaración SQL.
Por ejemplo, esto da el problema de permisos:
LOAD DATA INFILE '{$file}' INTO TABLE {$table}
Añadir LOCAL
a su declaración y el problema de los permisos debería desaparecer. Así:
LOAD DATA LOCAL INFILE '{$file}' INTO TABLE {$table}