Su servidor MySQL solo acepta conexiones en * nix socket (/var/run/mysqld/mysqld.sock si está ejecutando Ubuntu) o solo para localhost.
Tienes que editar tu my.cnf (en Ubuntu nuevamente se encuentra en /etc/mysql/my.cnf) y cambiar lo siguiente:
bind-address = 0.0.0.0
Y comenta lo siguiente
#skip-networking
Finalmente reinicie MySQL.
¡Tenga cuidado con eso, si su máquina MySQL es accesible desde Internet pública aceptará conexiones de todos!
