Para ser realmente franco, MySQL es una base de datos mientras que JSON no lo es, por lo que la respuesta correcta es MySQL, sin dudarlo. JSON es solo un lenguaje, y apenas eso. JSON nunca fue diseñado para manejar nada como conexiones concurrentes o cualquier tipo de manipulación de datos, ya que su propia función es representar datos, no para gestionar eso.
Así que vaya con MySQL para almacenar los datos. Luego, debe usar algún lenguaje de programación para leer esa base de datos y enviar esa información como JSON, en lugar de almacenar cualquier cosa en JSON.
Si almacena los datos en archivos, ya sea en formato JSON o cualquier otro, tendrá todo tipo de problemas por los que la gente ha dejado de preocuparse desde que las bases de datos comenzaron a usarse para lo mismo. Limitaciones de tamaño, bloqueos, nómbralo. Es lo suficientemente bueno cuando tiene un usuario, pero en el momento en que agrega más de ellos, comenzará a resolver tantos problemas que probablemente terminará escribiendo un motor de base de datos completo solo para manejar los archivos por usted, mientras todo el tiempo simplemente podría haber usado una base de datos real.
