Hagas lo que hagas, no lo guardes en el propio servidor (incluso si solo estás usando un servidor o en un escenario de conmutación por error 1+1). Te pondrá en un callejón sin salida.
Yo diría que use Database+Memcache para almacenamiento/recuperación, lo mantendrá fuera del alcance de Zend (y créanme, las cosas se estropean en algún momento con Zend). Dado que podrá particionar fácilmente por ID de usuario o ID de sesión, incluso usar MySQL dejará las cosas bastante escalables.
(Editar:además, ir con DB+Memcache no lo vincula a una parte comercial, tampoco lo vincula a PHP, algo por lo que podría estar feliz en el futuro)
