¿Cómo se pueden escribir consultas en MySQL que puedan analizar datos JSON en una columna?

Podrías usar json_extract (5.7 up).https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/json-search-functions.html#function_json-extract

SELECT user_id, json_data
FROM articles 
WHERE json_extract(json_data, '$.title') LIKE '%CPU%';