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Reestructuración de una mala base de datos con PHP loops o MySQL

No se necesita PHP. Puede hacerlo solo con código MySQL puro.

Crear tabla/insertar tabla

CREATE TABLE HugeTable
    (`Column1` VARCHAR(11), `Column2` VARCHAR(11), `Column3` VARCHAR(11))
;

INSERT INTO HugeTable
    (`Column1`, `Column2`, `Column3`)
VALUES
    ('Data1;Data2', 'Data3;Data4', 'Data5;Data6')
; 

CREATE TABLE NewTable
   (`Column1` VARCHAR(11), `Column2` VARCHAR(11), `Column3` VARCHAR(11))
;

Primero necesitamos MySQL para generar números. Este código MySQL genera del 1 al 100. Por lo tanto, la consulta final admitirá hasta 100 valores separados.

Consulta

SELECT 
 @row := @row + 1 AS ROW
FROM (
  SELECT 0 UNION SELECT 1 UNION SELECT 2 UNION SELECT 3 UNION SELECT 4 UNION SELECT 5 UNION SELECT 6 UNION SELECT 7 UNION SELECT 8 UNION SELECT 9
) row1
CROSS JOIN (
  SELECT 0 UNION SELECT 1 UNION SELECT 2 UNION SELECT 3 UNION SELECT 4 UNION SELECT 5 UNION SELECT 6 UNION SELECT 7 UNION SELECT 8 UNION SELECT 9
) row2
CROSS JOIN (
  SELECT @row := 0 
) init_user_params 

Resultado

  row  
--------
       1
       2
       3
       4
       5
       6
       7
       8
       9
      10
     ...
     ...
      90
      91
      92
      93
      94
      95
      96
      97
      98
      99
     100

Ahora podemos ver un método para separar en el; delimitador. Podemos usar funciones SUBSTRING_INDEX anidadas para eso

Consulta

SELECT SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX('Data1;Data2', ';', 1), ';', -1) AS DATA

Resultado

data    
--------
Data1   

Puede ver que solo se devuelve la primera palabra si queremos la segunda palabra que podemos usar

Consulta

SELECT SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX('Data1;Data2', ';', 2), ';', -1) AS DATA

Resultado

data    
--------
Data2  

Ahora combinamos el generador de números y SUBSTRING_INDEX para generar los datos

Consulta

SELECT 
  DISTINCT
   SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(Column1, ';', rows.row), ';', -1) Column1
 , SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(Column2, ';', rows.row), ';', -1) Column2
 , SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(Column3, ';', rows.row), ';', -1) Column3
FROM (
  SELECT 
   @row := @row + 1 AS ROW
  FROM (
    SELECT 0 UNION SELECT 1 UNION SELECT 2 UNION SELECT 3 UNION SELECT 4 UNION SELECT 5 UNION SELECT 6 UNION SELECT 7 UNION SELECT 8 UNION SELECT 9
  ) row1
  CROSS JOIN (
    SELECT 0 UNION SELECT 1 UNION SELECT 2 UNION SELECT 3 UNION SELECT 4 UNION SELECT 5 UNION SELECT 6 UNION SELECT 7 UNION SELECT 8 UNION SELECT 9
  ) row2  
  CROSS JOIN (
    SELECT @row := 0 
  ) init_user_params
)
 ROWS
CROSS JOIN 
 HugeTable 

Resultado

Column1  Column2  Column3  
-------  -------  ---------
Data1    Data3    Data5    
Data2    Data4    Data6   

Consultar nueva tabla

INSERT INTO 
  NewTable
SELECT 
  DISTINCT
   SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(Column1, ';', rows.row), ';', -1) Column1
 , SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(Column2, ';', rows.row), ';', -1) Column2
 , SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(Column3, ';', rows.row), ';', -1) Column3
FROM (
  SELECT 
   @row := @row + 1 AS ROW
  FROM (
    SELECT 0 UNION SELECT 1 UNION SELECT 2 UNION SELECT 3 UNION SELECT 4 UNION SELECT 5 UNION SELECT 6 UNION SELECT 7 UNION SELECT 8 UNION SELECT 9
  ) row1
  CROSS JOIN (
    SELECT 0 UNION SELECT 1 UNION SELECT 2 UNION SELECT 3 UNION SELECT 4 UNION SELECT 5 UNION SELECT 6 UNION SELECT 7 UNION SELECT 8 UNION SELECT 9
  ) row2  
  CROSS JOIN (
    SELECT @row := 0 
  ) init_user_params
)
 ROWS
CROSS JOIN 
 HugeTable 

Consulta

SELECT * FROM NewTable

Resultado

Column1  Column2  Column3  
-------  -------  ---------
Data1    Data3    Data5    
Data2    Data4    Data6