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Cómo recuperar/recrear la base de datos 'mysql' predeterminada de mysql

Si aún puede iniciar sesión (supongo que no, ya que no hay una tabla de usuarios) y tiene bases de datos para guardar, descárguelas con

mysqldump --routines databasename > outfile.sql

La base de datos MySQL se puede recrear con el comando

# Most MySQL versions
mysql_install_db

# MySQL 5.7 and later
mysqld --initialize

Documentación de MySQL aquí