Puede deshabilitar temporalmente las comprobaciones de claves externas en MySQL para realizar operaciones que fallarían si estas comprobaciones estuvieran habilitadas:
// Disable foreign keys check
Statement stmt = conn.createStatement();
stmt.execute("SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0");
stmt.close();
// Do your stuff
// Enable foreign keys check
Statement stmt = conn.createStatement();
stmt.execute("SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1");
stmt.close();
Tenga en cuenta que esta es una configuración por conexión, por lo que debe hacer todas sus cosas usando el mismo conn
objeto.