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¿Almacenar entidades html en la base de datos? ¿O convertir cuando se recupera?

Recomendaría almacenar la forma más cruda de los datos en la base de datos. Eso le brinda la mayor flexibilidad al elegir cómo y dónde enviar esos datos.

Si encuentra que el rendimiento es un problema, podría almacenar en caché la versión con formato HTML de estos datos de alguna manera. Recuerde que la optimización prematura es algo malo.