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cómo obtener el tiempo de carga en milisegundos o microsegundos en mysql

Vine con el mismo problema, hice mis consultas desde una consola de linux usando tiempo 

$ time mysql --user="user" -D "DataBase" -e "SELECT SQL_NO_CACHE COUNT(1) FROM table"

 ------------
 count(1)
 ------------
 750
 ------------

 real 0m0.269s
 user 0m0.014s
 sys  0m0.015s

o

$ time -f"%e" mysql --user="user" -D "DataBase" -e "SELECT SQL_NO_CACHE COUNT(1) FROM table"

------------
 count(1)
------------
 750
------------
 0.24

Da valores diferentes de "mysql", pero al menos es algo con lo que puede trabajar, por ejemplo, este script:

#!/bin
temp = 1
while [ $temp -le 1000]
do
    /usr/bin/time -f"%e" -o"/home/admin/benchmark.txt" -a mysql --user="user" -D "DataBase" -e "SELECT SQL_NO_CACHE COUNT(1) FROM table"  > /dev/null 2> /dev/null
    let temp=$temp+1
done

Ejecutar la consulta 1000 veces, -f muestra solo el tiempo real, -o el archivo de salida, -a se agrega a la salida, > /dev/null 2> /dev/null ignora el resultado de la consulta para que no se imprima en la consola cada vez.