El problema es que el conjunto de resultados será primero agrupado entonces pedido . Puede usar la selección anidada para obtener lo que desea.
Consulta SQL:
SELECT t.* FROM (SELECT * FROM messages ORDER BY created_at DESC) t GROUP BY t.from
Con Laravel:
$messages = Message::select(DB::raw('t.*'))
->from(DB::raw('(SELECT * FROM messages ORDER BY created_at DESC) t'))
->groupBy('t.from')
->get();
Solo necesita agregar su where()
cláusulas.