Consulta SQL con MySQL

Creo que estás preguntando por los 3 mejores Deliverable s de Task ordenado por DNI. Podrías intentar algo como esto:

Editar: Ok, tomaré una puñalada más en esto. Esto debería darte los 3 mejores Deliverable s ordenados por Task.id tomando solo el Deliverable asociado al max(Task.id)

deliverables = 
        (List<Deliverable>) session.createQuery(
            "from Deliverable as d, Task as t
                where t.deliverable.id = d.id and
                t.id = (select max(t1.id) from Task t1 where t1.deliverable.id = d.id)
                and d.project.id= :id
                and t.user.username = :name
                order by t.id desc")
        .setMaxResults(3)
        .setLong("id", projectId)
        .setString("name", username)
        .list();