¿Por qué mysql_query() devuelve VERDADERO con una instrucción SELECT?

Si webbiedave no está en el camino correcto, solo hay una ruta de código que permite esta situación en la fuente php:

#if MYSQL_VERSION_ID < 32224
#define PHP_MYSQL_VALID_RESULT(mysql)       \
    (mysql_num_fields(mysql)>0)
#else
#define PHP_MYSQL_VALID_RESULT(mysql)       \
    (mysql_field_count(mysql)>0)
#endif

...

if (!mysql_result) {
    if (PHP_MYSQL_VALID_RESULT(mysql->conn)) { /* query should have returned rows */
        php_error_docref(NULL TSRMLS_CC, E_WARNING, "Unable to save result set");
        RETURN_FALSE;
    } else {
        RETURN_TRUE; // <<< this case
    }
}

Yo consideraría esto un error. Especialmente porque no hay una forma real de verificar esto:mysql_num_fields en el código PHP usa el recurso que no está obteniendo, no la conexión.

Aunque todavía es extraño que la versión C de mysql_query devuelva cero en la conexión perdida, si puede, pruebe el siguiente parche y reinstale la extensión mysql:

Index: ext/mysql/php_mysql.c
===================================================================
--- ext/mysql/php_mysql.c       (revision 311719)
+++ ext/mysql/php_mysql.c       (working copy)
@@ -1485,6 +1485,9 @@
                if (PHP_MYSQL_VALID_RESULT(mysql->conn)) { /* query should have returned rows */
                        php_error_docref(NULL TSRMLS_CC, E_WARNING, "Unable to save result set");
                        RETURN_FALSE;
+               } else if( mysql_errno(mysql->conn) != 0 ) {
+                       php_error_docref("http://www.mysql.com/doc" TSRMLS_CC, E_WARNING, "%s", mysql_error(mysql->conn));
+                       RETURN_FALSE;
                } else {
                        RETURN_TRUE;
                }