¿Cómo solucionar este error mysql_fetch_assoc() espera que el parámetro 1 sea un recurso, booleano dado?

$query se usa antes del while y dentro del while ... Cambiar el nombre de la variable a $query2 , por ejemplo:

$hoje = strtotime(date("d-m-Y"));

$db = new DBConfig();
$db -> config();
$db->conn();
$query = mysql_query("SELECT * FROM products WHERE auto_pub = ".$hoje) or die(mysql_error());

while($res = mysql_fetch_assoc($query)) {
    $query2 = mysql_query("UPDATE products SET publicado = '0' WHERE auto_pub = ".$hoje) or die(mysql_error());
}

$db->close();

Espero que ayude.