obtener la fila con el valor más alto en MySQL

¿Qué tal algo como

SELECT  t.*
FROM    Table t INNER JOIN
        (
            SELECT  fileid,
                    MAX(seqid) Maxseqid
            FROM    Table
            GROUP BY    fileid
        ) m ON  t.fileid = m.fileid
            AND t.seqid = m.Maxseqid